Bei der Auswahl einer Transfermembran müssen Membrantyp und Porengröße auf der Grundlage des Molekulargewichts, der Hydrophobie und anderer Eigenschaften des Zielproteins sowie der Anforderungen nachgelagerter Anwendungen bestimmt werden. Für die meisten Proteine können Membranen mit einer Porengröße von 0,45 µm verwendet werden, während für Proteine oder Peptide mit niedrigem Molekulargewicht (kDa) Membranen mit einer Porengröße von 0,1 oder 0,2 µm empfohlen werden. PVDF-Membranen sind eine bevorzugte Wahl für hydrophobe Proteine (wie Membranproteine).
Unterschiedliche Membranen erfordern unterschiedliche Vorbehandlungsschritte. PVDF-Membranen sind stark hydrophob und müssen vor dem Eintauchen in den Transferpuffer durch Benetzen mit Methanol oder Ethanol aktiviert werden. Nitrozellulose- und Nylonmembranen können normalerweise direkt im Transferpuffer äquilibriert werden.
Zu den wichtigsten Elektrotransfermethoden gehören nasser Elektrotransfer, halbtrockener Elektrotransfer und trockener Elektrotransfer. Der nasse Elektrotransfer eignet sich für einen größeren Bereich von Proteinmolekulargewichten, während der halbtrockene Elektrotransfer schneller, aber besser für kleine Moleküle geeignet ist.
Die Methanolkonzentration im Transferpuffer beeinflusst die Proteinbindung und die Gelschrumpfung. Strom, Spannung und Zeit müssen optimiert werden, um das Eindringen von Proteinen durch die Membran zu verhindern. Um ein Austrocknen der Membran in nachfolgenden Schritten zu verhindern, sollten unbenutzte PVDF-Membranen versiegelt und an einem kühlen, trockenen Ort gelagert werden.